主动出击

　　1547年，朱纨派遣副使柯乔、都指挥黎秀等分驻漳、泉、福宁诸地，阻遏双屿港湾的私商船只。次年四月，奉命进剿双屿的福建都司都指挥卢镗率福清兵追击一艘倭寇大船，杀死2人，生擒日本倭夷稽天、新四郎，以及中国走私贩林烂四等53人。

　　初战告捷，朱纨又命卢镗统各路兵直捣双屿，葡萄牙人和中日私商则坚壁不出，形成围困局面。1548年4月，双屿商船乘着风雨昏黑突围出港。明军一面占领双屿，一面分兵追击。此役共“俘斩溺死者数百人，贼酋许六、姚大总与大窝主顾良玉、祝良贵、刘奇十四等皆就擒。镗入港，毁贼所建天妃宫及营房、战舰，贼巢自此荡平”(《筹海重编》卷五《浙江倭变纪》)。鉴于双屿孤悬于大洋之中，难以戍守，而明军主力“福兵俱不愿留”，朱纨便下令以木石筑塞通往双屿港的南北各水口，使所有船只无法进入内港，从此葡萄牙人和中外私商苦心经营多年的国际贸易大港遂成废墟。

　　明军攻占双屿，葡萄牙人和中外私商失去巢穴，余党部分逃往福建之浯屿。而大部分仍留滞浙江沿海，“分泊南麂、礁门、青山、下八诸岛”，或出没于福建北部海域，继续与明军周旋。朱纨指挥明军继续扫荡残敌，经过大小数十战，到同年12月，才将葡萄牙人和中私商海盗船赶出浙江海域。朱纨上奏朝廷：“台温海岛巢穴俱已荡平，凡可栖隐去处遍哨，无警收兵。”他也因此受到了嘉靖皇帝的赞许。

　　双屿战后，葡萄牙人移师福建沿海，与当地的葡萄牙人和中外私商汇合，占据厦门附近的浯屿筑成新巢。而明军在朱纨指挥下乘胜追击，包围了浯屿。

　　1549年初，恃险困守了3个月的葡萄牙人及其同伙不得不放弃浯屿，于正月二十五日“陆续开洋”。部分葡萄牙商人为讨回商欠重返福建沿海，结果在走马溪附近的灵宫澳下湾中了明军的埋伏。此役明军共歼敌239人，生擒葡萄牙人16名，中国海盗首领李光头及属下120人，朱纨在报捷奏折中写下了“全闽海防，千里肃清”八字，宣告福建抗倭斗争已经取得胜利。

　　在嘉靖倭患中，王直集团曾一度协助明朝政府剿灭四处劫掠的海盗，希望以此换取明朝准许自由贸易的要求。结果，海禁未开，自己却身陷囹圄，最终身首异处。与此相反，失去双屿、浯屿之后的葡萄牙人得到的是本国政府始终如一的支持。1553年，他们通过欺骗手段取得在澳门的居住权，重新建立起新的贸易网络，并一度垄断整个亚洲地区的海洋贸易。